Com 100% dos jogos transmitidos no Eleven e Paulistão Play e 17 clubes, o formato da Copa Paulista 2021 está definido. Ao todo, os participantes serão divididos em quatro grupos regionalizados, sendo três com quatro clubes e um com cinco equipes. Após turno e returno, os dois mais bem colocados de cada chave avançam para o mata-mata. O início do torneio está previsto para o dia 14 de setembro e a final para 16 de novembro.

Por um grupo contar com um time a mais que os outros três, a classificação geral será definida por aproveitamento. O melhor colocado geral enfrenta o oitavo mais bem classificado, o segundo enfrenta o sétimo, o terceiro pega o sexto, enquanto o quarto e quinto duelam por uma vaga as semifinais. Em caso de igualdade a partir desta fase, a vaga será definida por pênaltis.

Os quatro classificados fazem as semifinais e, posteriormente, os dois clubes que avançarem farão a final. O campeão tem a opção de escolher entre uma vaga da Copa do Brasil ou do Campeonato Brasileiro da Série D. O vice-campeão fica com a outra opção.

Confira os grupos da primeira fase da Copa Paulista:
Grupo 01:
Botafogo F S/A
AE Velo Clube
Comercial FC
CA Votuporanguense

Grupo 02:
EC São Bento
Rio Claro
EC XV de Piracicaba
EC Noroeste

Grupo 03:
Santos FC
São Bernardo FC
EC São Bernardo
EC Primavera

Grupo 04:
AD São Caetano
SC Atibaia
EC Taubaté
CA Juventus
A Portuguesa Desp